Одной из главных целей создания института было совершенствование научных подходов в сфере градостроительного проектирования. Суперпродуктивной концепцией для того времени – 1993 г. – стала концепция использования новейших геоинформационных технологий (ГИС) и космических изображений для целей научного комплексного анализа состояния территорий. Апробация данного инструмента показала свою эффективность и в целом уже для проектных целей – вариантного подхода к проектированию, формирования расширенных баз данных по разным классам объектов, возможностей градостроительного мониторинга.
Данный методологический подход НПИ ЭНКО был с успехом продемонстрирован на научных конференциях, семинарах, круглых столах, научных публикациях и получил высокую оценку коллег и заказчиков. Достаточно скоро стало понятным, что современное градостроительное проектирование немыслимо без ГИС-технологий. Но только в 2012 году этот факт был закреплен в Градостроительном кодексе после введения в действие Федеральной градостроительной информационной системы территориального планирования (ФГИС ТП), в создании которой специалисты НПИ ЭНКО принимали самое активное участие, в том числе НПИ ЭНКО был соисполнителем доработки ФГИС ТП.
За время работы НПИ «ЭНКО» специалистами были опубликовано большое количество статей в различных изданиях: вестнике СПбГУ (серия географическая), трудах СПбГУ, Известиях Академии Наук (серия география), журналах Зодчий, Управление развитием территории, Местное самоуправление, в трудах Назаровских чтений и других. Изданы монографии: «Территориальное планирование на уровне субъектов России», Труды НПИ «ЭНКО» (сборник статей, том 1). Также, по заказу Минэкономразвития, проведена научно-исследовательская работа по теме: «Разработка методологии сбалансированного развития структуры населенных мест Российской Федерации и выявления городских агломераций с использованием данных дистанционного зондирования Земли».
Институт ЭНКО во все годы работы осуществлял научное сотрудничество с международными и отечественными организациями: SPOT Image Европейского космического агентства; компания R.I.S.K.; ДАТА +; Институт Географии Академии наук РФ; Санкт_Петербургский государственный унивеситет; институт РосНИПИ Урбанистики; ЛенНИИПградостроительства и многими другими.